Kontrollavdelningen med ca 220 anställda bedriver offentlig kontroll på livsmedelsanläggningar och vid gränskontrollstationer. I begreppet kontroll ingår moment som revision, inspektion, provtagning och åtgärder vid konstaterade avvikelser. Kontroll vid slakt (köttbesiktning) och kontroll av musselvatten ingår i avdelningens offentliga kontroll.
Avdelningen leds av avdelningschef Rauni Niskanen och består av 8 enheter varav 6 regionala enheter (cirka 192 personer) som har huvudansvaret för all operativ kontroll av livsmedelsanläggningar vid avdelningen.
Enheten för gränskontroll och stöd (20 personer) ansvarar för genomförandet av kontroll vid gränskontrollstationer, för expertstöd till medarbetarna vid avdelningens operativa kontroll samt för genomförandet av kontroll av huvudkontor.
Enheten för administrativt stöd (8 personer) ansvarar för ekonomi- och ärendehantering och bemanningsberäkningar kopplad till kontrollen, inklusive kontrollavgifter och visst övrigt administrativt stöd.