Mikroprofilprojekt syftar till att kartlägga förekomsten av bakterier på kött direkt efter slakt. Detta är uppgifter som kan användas för att bedöma risken för att animaliska livsmedel ska utgöra en smittkälla för livsmedelsburna sjukdomar.
En kartläggning kan även fungera som en referenspunkt för för att utvärdera framtida åtgärder. Resultaten utgör ett stöd för utveckling av företagens egenkontroll och för att bedöma behovet av tillsynsåtgärder.
I det första mikroprofilprojektet 2002-2003 undersöktes förekomst och halter av bakterier på kyckling, i det andra (2004-2005) kartlades mikroorganismer på slaktkroppar av gris och i det tredje (2006-2007) mikroorganismer på slaktkroppar av nötkreatur. I Mikroprofil Gris och Mikroprofil Nötkreatur gjordes också jämförelser av förekomsten av bakterier på småskaliga och storskaliga slakterier.