Identifiering av kött, fisk och skaldjur sker med metoder som identifierar artspecifika skillnader på protein- eller DNA-nivå. Exempel på proteinmetoder som skiljer arter åt är elektroforetiska och immunologiska metoder. Livsmedelsverket har deltagit i två EU-projekt inom fiskområdet för att utveckla elektroforetiska metoder både för råa och upphettade fiskprodukter samt i ett projekt för utveckling av molekylärbiologiska metoder för identifiering och kvantifiering av olika arter av kött.
De elektroforetiska metoderna isoelektrisk fokusering och SDS gelelektrofores är väl anpassade för att identifiera enskilda djurslag men mindre lämpade då flera arter förekommer i blandning. Den unika artspecifika proteinprofilen, ”artens fingeravtryck”, blir svårtydd då överlappande proteinmönster erhålls.
Immunologiska metoder är användbara vid analys av arter i blandningar men förutsätter tillgång på specifika antisera. Idag finns endast ett fåtal kommersiella antisera/immunoassays mot de vanligaste arterna av kött.
DNA-metoder baseras på amplifiering av korta DNA fragment (vanligtvis cytokrom b genen) med PCR-teknik. Sedan sker en klyvning av PCR produkten med så kallade restriktionsenzymer. Dessa klyver PCR-produkten olika beroende på djurslag. Därefter följer en elektrofores, där fragmenten separeras efter storlek på en gel. Detta resulterar i mönster som är unika för det enskilda djurslaget men som blir komplicerade och svårbedömda om flera djurslag förekommer i blandning.
Kvantifiering av arter med realtids-PCR och myostatin som referensgen har gjorts i ett EU projekt (MolSpec ID) och realtids-PCR metoder har etablerats på laboratoriet för specifik identifiering av nöt och älg.