Avgiften för kontroll av sändningar med animaliska livsmedel är uppdelad i en grundavgift och en kiloavgift. Avgiften höjs om kontrollen sker på andra tider än normal arbetstid. I gränskontrollen finns ett årligt provtagningsprogram där stickprov för bland annat restsubstanser och bakterier tas ut. Kostnaden för sådana analyser täcks av grundavgiften. Övriga undersökningar bekostas av importören.
När det gäller vegetabiliska livsmedel betalar importören en grundavgift samt eventuella kostnader för provtagning och analys. Vid enbart dokumentkontroll är avgiften lägre. Avgiften höjs om kontrollen sker på andra tider än normal arbetstid.
Mer information finns under rubriken Läs mer till höger.