Transitering innebär att varor transporteras genom ett annat land än mottagarlandet. Tulltransiteringssystemet NCTS, New Computerized Transit System, används för registrering och övervakning av transiteringar. Upplysningar om detta system ges av Tullverket. Av veterinärintyget ska det klart framgå vilket land/länder varan ska passera igenom.
Vid transitering genom annat EU-land ska gränskontrollveterinären på införselorten utfärda ett transiteringsintyg som sedan gäller vid transitering genom övriga EU-länder. Till grund för detta intyg ligger den dokumentation som utfärdats i exportlandet och som ska följa med sändningen eller bestyrkta översättningar av dessa handlingar. Vid transitering ska fysisk kontroll bara utföras i undantagsfall (vid fara för djurs eller människors hälsa eller om oegentligheter misstänks). Läs mer i LIVSFS 2006:4 (omtryck av LIVSFS 2004:3) med ändringar under rubriken Fördjupad information till höger, om kontroll av animaliska livsmedel vid import från tredje land, § 23-34.