Fördelarna med klorering överväger trots att klor och andra desinfektionsmedel ibland ger upphov till oönskade biprodukter. Man får inte kompromissa med en effektiv desinfektion av dricksvattnet för att få ner halten av biprodukter. Otillräcklig desinfektion vid vattenverket ökar risken för vattenburen smitta. Sådan smitta kan få ett mycket allvarligt förlopp och måste därför så långt det är möjligt undvikas.
I många utländska undersökningar har man letat efter samband mellan klorerat dricksvatten och cancer. Vissa undersökningar tyder på ett visst samband, medan andra inte kan visa något. Om det finns ett samband är det under alla omständigheter mycket svagt.
En av Livsmedelsverkets undersökningar (1994-1995) visade att biprodukterna är ett litet problem i Sverige jämfört med andra länder. Det beror på att svenska vattenverk använder låga klordoser och att det i dricksvattenreglerna finns krav som syftar till att begränsa bildningen av biprodukter. Det finns alltså gränsvärden för högsta tillåtna klordosering och för högsta tillåtna klorhalt i dricksvattnet, liksom gränsvärden för de vanligaste biprodukterna.
Det finns ett allmänt intresse av att minska användningen av klor i samhället. Även på vattenverken kommer kloranvändningen att avvecklas på sikt i takt med att klor ersätts med andra desinfektionsmedel eller beredningsmetoder, som kan fungera som säkerhetsbarriärer mot vattenburen smitta.